Der bayerische Herzog Wilhelm V. gab am 27. September 1589 den Bau des Hofbräuhauses als Brauerei zur Versorgung von Hof und Bediensteten in Auftrag, worauf auch der Name zurückgeht. Der Zweck des Baus war es, mit der Produktion von Braunbier die Ausgaben des Hofes zu senken, da das Bier zuvor kostspielig aus der niedersächsischen Hansestadt Einbeck importiert (allerdings nur als Saisonbier im Frühjahr) oder von privaten Brauereien gekauft wurde. Auch aus Sachsen, Kassel und Schwabach kam Bier nach München. Standort der neuen Brauerei war das ehemalige Hühnerhaus. Als Planer verpflichtete man den Braumeister des Benediktinerklosters Geisenfeld in der Hallertau, Haimeran Pongratz, der das Hofbräuhaus am Alten Hof in München errichtete. Mit der Fertigstellung wurde Pongratz auch der erste Braumeister im Braunen Hofbräuhaus, wo er das Münchener Braunbier (in Nürnberg auch als rotes Bier bezeichnet) braute. Nach heutiger Bezeichnungsweise stand es in der Sparkassenstraße im Anschluss an das sogenannte Zerwirkgewölbe.
Am 10. Juni 1602 starb Hans Sigmund von Degenberg. Er war der letzte männliche Nachkomme des in Schwarzach im bayerischen Wald ansässigen Grafengeschlechts der Degenberger, die in Bayern das alleinige Vorrecht inne hatten, Weißbier zu brauen. Seine Witwe begab sich in den Schutz des bayerisches Herzogs, dessen Landsassen die Degenberger waren. Da das Weißbier-Privileg 1548 von seinem Vorfahrern Wilhelm IV. (Bayern) an die Degenberger ausgegeben worden war, zog Wilhelms Sohn Maximilian I. das Privileg wieder an sich (dazu hatte er zuvor ein juristisches Gutachten verfassen lassen), um künftig ganz alleine die Einkünfte aus dem Weißbier nutzen zu können, und beauftragte schließlich den Schwarzacher Weißbierbraumeister der Degenberger, Wolf Peter, sein Bier künftig in München zu brauen. Dieser hatte bereits vor Ableben seines Dienstherren dem Herzog einen Probesud Weißbier in München gesotten. Die obergärige Spezialität erfreute sich schnell wachsender Beliebtheit. (Irrtümlicherweise wurde der damalige Oberbräuknecht von Josef Benno Sailer 1929 erstmals als Braumeister interpretiert und andere Autoren nach ihm übernahmen den Irrtum. Nicht nur, daß Sailer die Funktion falsch auffaßte, er las auch den Namen falsch, nämlich Bettl statt richtig Lettl. Heinrich Letzing hat dies jedoch in seiner grundlegenden Dissertation von 1994 richtiggestellt, s.u. unter Literatur). Der erste Weiße Preumaister war jedoch Hans Amman, der jedoch wieder entlassen wurde, als der Schwarzacher Braumeister Peter nach München verpflichtet werden konnte
Nicht zuletzt durch die verschlechterten landwirtschaftlichen Bedingungen wurde vom Hof weniger Bayerwein bezogen und statt dessen die Herstellung von Bier favorisiert. Die gestiegenen Produktionsmengen ließen die Kapazitäten des Hofbräuhauses bald knapp werden, so dass man (nachgewiesen ab 1604) versuchte, die Produktion in einen Neubau auszulagern. 1607 war das neue Hofbräuhaus am erst viel später Platzl genannten Ort, dem heutigen Standort des Hofbräuhauses, fertiggestellt und 1608 wurden auch die Sudstätten für das Braunbier dorthin verlegt. Das neue Gebäude war jetzt also Sudstätte für braunes und weißes Bier. Der geschäftssinnige Maximilian errichtete auch in anderen bayerischen Städten Bräuhäuser, die später von der Werbung gerne als HofBrauhäuser bezeichnet wurden. Im Jahr 1610 erlaubte er den Bierverkauf an Wirte und Privatleute, und bald verpflichtete er die Münchener Wirte durch das Schankrecht dazu, auch das Hofbräu-Bier auszuschenken.
Um mit dem "Ainpock" im Frühjahr (nicht mit dem gesamten Braunbier) näher an die Qualität des Einbecker Bieres heranzukommen, warb man 1612 den Braumeister Elias Pichler von dort nach München ab. Das Bier des Einbeckers, das Ainpöck, erhielt in der Münchner Mundart bald die bis heute geläufige Bezeichnung Bock. Auch das Brauen von Bockbier war bis ins Jahr 1810 ausschließlich dem Hofbräuhaus vorbehalten, so dass das Hofbräuhaus bald zu einer wichtigen Einnahmequelle wurde. Angeblich wurde so ein Großteil der bayerischen Staatsausgaben für den dreißigjährigen Krieg beglichen. Zumindest zeitweise resultierten 30% bis die Hälfte der Staatseinnahmen alleine aus dem Weißbier.
Im Jahr 1828 verfügte Ludwig I. die Gastung: Es war also fortan erlaubt, die Bevölkerung im Hofbräuhaus zu bewirten. 1844 setzte er den Bierpreis deutlich unter das damals übliche Niveau, um dem Militär und der arbeitenden Klasse einen gesunden und wohlfeilen Trunk zu bieten.
1856 pachtete der Braumeister Georg Schneider das Hofbräuhaus. Seit den 1760er Jahren war das obergärige Weißbier nach und nach aus der Mode gekommen. Da technische Erfindungen wie die Lindesche Kältemaschine noch nicht gemacht waren kann dies nur mit einer Änderung des Publikumsgeschmackes erklärt werden. Im Hofbräuhaus reagierte man auf die neue Situation; die Weißbierproduktion wurde beständig zugunsten untergäriger Biersorten zurückgefahren und im Jahr 1872 schließlich ganz aufgegeben. Das Monopol der Wittelsbacher auf das Weißbierbrauen war bereits im Jahr 1798 aufgehoben worden, aber man benötigte immer noch ein Regal, um eine Weißbierbrauerei betreiben zu dürfen. Schneider gelang es, das auf dem Hofbräuhaus liegende und nun nicht mehr benötigte Weißbierregal von König Ludwig II. zu erwerben, womit er die Brauerei G. Schneider & Sohn, eine bis heute sehr erfolgreiche bürgerliche Weißbierbrauerei, gründete
Mit dem zunehmenden Tourismus in München erfreute sich das Hofbräuhaus steigender Beliebtheit, so dass Prinzregent Luitpold 1896 beschloss, die Brauerei in die Innere Wiener Straße am Gasteig im Stadtteil Haidhausen zu verlegen (dort ist heute der Hofbräukeller untergebracht) und den Gastbereich des Hofbräuhauses stark vergrößern und im Stil der Neorenaissance umbauen zu lassen. Die Planung übernahm der Architekt Max Littmann und der Umbau wurde von der zusammen mit seinem Schwiegervater Jakob Heilmann gegründeten Firma Heilmann & Littmann in zwei Abschnitten durchgeführt: Am 2. September 1896 begann man mit dem Abriss des alten Sudhauses, und ab dem 9. Februar 1897 war die dort neu errichtete Schwemme in Betrieb. Nun wurde das benachbarte Verwaltungsgebäude abgebrochen und durch einen großen Gaststättenbereich ersetzt. Am 22. September 1897 konnte das Hofbräuhaus in seiner neuen Form, die größtenteils der heutigen entspricht, feierlich eröffnet werden. Die Kosten für den Umbau beliefen sich auf 819.000 Goldmark.
In der Zeit der Münchner Räterepublik riefen am 13. April 1919 (Palmsonntag) Betriebs- und Soldatenräte im Hofbräuhaus die Kommunistische Räterepublik aus. Diese löste die von Ernst Toller, Erich Mühsam und Gustav Landauer am 7. April 1919 proklamierte Räterepublik Baiern ab. Die Ausrufung fand während eines Kampfs gegen die Republikanische Schutzwehr statt, die versuchte die Räterepublik zu stürzen.
Am 24. Februar 1920 wurde im Hofbräuhaus vor etwa 2000 anwesenden Personen die NSDAP gegründet. Sie ging durch Umbenennung aus der Deutschen Arbeiterpartei hervor. Im Rahmen der Gründung verkündete Adolf Hitler das 25-Punkte-Programm, das Parteiprogramm der NSDAP.
1945 wurde das Hofbräuhaus im zweiten Weltkrieg bei dem Bombardement Münchens durch die Alliierten bis auf die Schwemme vollständig zerstört. Zur 800-Jahrfeier Münchens 1958 konnte die Rekonstruktion mit der Wiedereröffnung des Festsaals abgeschlossen werden. Nach einem Pächterwechsel 2004 wurde die "Trinkstube" mit Millionenaufwand umgebaut und als "Bräustüberl" im Juli 2005 wiedereröffnet. Bis heute ist das Hofbräuhaus Attraktion für Touristen aus aller Welt. Es zählt täglich bis zu 35.000 Besucher und erwirtschaftet dem bayerischen Staat jährlich Einnahmen in zweistelliger Millionenhöhe. In Las Vegas wurde 2004 eine originalgetreue Nachbildung des Hofbräuhauses unter Lizenz errichtet.
Von seiner Gründung an war das Hofbräuhaus stets im Besitz des bayerischen Staates. Zur Zeit der Könige hieß es königliches Hofbräuhaus, die jetzige offizielle Bezeichnung lautet Staatliches Hofbräuhaus am Platzl.
Die Schwemme im Parterre, eine große Bierhalle, ist der bekannteste Teil des Hofbräuhauses und bietet an Holztischen Platz für rund 1000 Personen. Für Stammgäste gibt es dort Regale, in denen sie ihre Bierkrüge aufbewahren können.
In den Obergeschossen befindet sich ein Festsaal mit einem 9 Meter hohen Gewölbe für ebenfalls etwa 1000 Personen sowie weitere Räumlichkeiten für insgesamt nochmals über 1000 Personen (Schäfflersaal, Wappensaal, Jägerstube, Fischerstube, Münchner Zimmer, Erkerzimmer, Bräustüberl, die ehemalige "Trinkstube", und Weihenstephaner Stube). Der Innenhof mit dem Löwenbrunnen dient im Sommer als Biergarten.
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